Sejarah berdirinya Rumah Sakit Khusus Jiwa H. Mustajab diawali pada tahun 1984, dimana pada saat itu KH. Supono, S. Sos selaku seorang kyai dan tokoh spiritual yang menjabat sebagai Kepala Desa Bungkanel mempunyai tanggung jawab yang besar terhadap masyarakat yang dipimpinnya. Apalagi kultur masyarakat pedesaan saat itu sangat tergantung pada pemimpinnya. Setiap masalah yang timbul di masyarakat pasti akan disampaikan kepada kepala desanya. Tidak terkecuali masalah kesehatan. Kalau ada warganya yang sakit pasti diberitahu dan diminta bantuannya. Berawal dari situlah KH. Supono, S. Sos yang berlatar belakang pendidikan pondok pesantren berupaya ikut mengobati masyarakatnya dengan cara memberi air karomah air tersebut adalah air yang telah diberi doa dan amalan. Ternyata apa yang dilakukan KH. Supono, S. Sos membawa kesembuhan kepada mereka yang sakit sehingga tersebarlah kabar ini dari mulut ke mulut.
Dengan beredarnya kabar ini maka setiap hari semakin bertambah masyarakat yang datang tidak hanya dengan penyakit umum tapi penyakit jiwa. Dengan kondisi yang seperti itu, KH Supono berfikir alangkah baiknya penanganan terhadap para pasien kejiwaan ini juga disertai dengan penanganan secara medis, oleh sebab itu KH Supono bekerja sama dengan mantri Suwardi yang kemudian menghubungkannya dengan dr. Basiran, Sp.Kj.
Penggabungan metode penyembuhan secara medis dan non medis ternyata membawa hasil yang memuaskan. Semakin hari semakin banyak pasien yang datang khususnya mereka yang menderita gangguan jiwa dan juga yang ingin lepas dari ketergantungan NAZA ( narkotika dan zat aditif lainnya )
Selanjutnya untuk meningkatkan pelayanan kepada pasien maka didirikan Panti Rehabilitasi Mental dan Narkoba “H. Mustajab” di bawah naungan Yayasan “An-Nur” pada tanggal 28 November 1995 dan didaftarkan pada Notaris Tajuddin Nasution, SH. Dengan nomor 3 tanggal 3 Juni 2003.
Setelah melalui proses panjang akhirnya keluarlah Keputusan Gubernur Jawa Tengah tentang Ijin Sementara Kesatu Tentang Penyelenggaraan Sarana Kesehatan Rumah Sakit Khusus Jiwa H. Mustajab Purbalingga pada tanggal 30 Desember 2009.
Selanjutnya, pada tanggal 5 Mei 2011 Rumah Sakit Khusus Jiwa H. Mustajab memperoleh Ijin Sementara Kedua Tentang Penyelengaraan Sarana Kesehatan Rumah Sakit Khusus Jiwa H. Mustajab, dengan keluarnya Keputusan Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten Purbalingga oleh Dinas Kesehatan Purbalingga.
Pada tanggal 20 desember 2011, terjadi pengalihan pengelola yang semula dipegang oleh Yayasan An-Nur dialihkan Ke PT. RUMAH SAKIT H. MUSTAJAB yang terdaftar pada Notaris Nurlayla Sucipto Putri, SH., MKn tanggal 16 Desember 2011.
